ஈழத்தின் வடபாகமாயுள்ள யாழ்ப்பாணக் குடநாட்டின் வடமுனையில் பருத்தித்துறை பட்டினத்தின் கீழ் திசையில் 18 வது கிலோ மீட்டர் தொலைவில் நாகர்கோயில் என்னும் பழம் பெரும் கிராமத்தின் மத்தியில் மருத நிலமும், நெய்தல் நிலமும், பாலை நிலமும் பொருந்திய வரலாற்று சிறப்பு மிக்க புண்ணிய பூமியில் நாகர்கோயில் பூர்வீக நாகதம்பிரான் ஆலயமும், அருள்மிகு மாளிகைத்திடல் கண்ணகை அம்மன் ஆலயமும் அமையப் பெற்றுள்ளது.
இப் பூர்வீக நாகதம்பிரான் ஆலயம் இன்ன காலத்திலே தோன்றியதென யாராலும் வரையறுத்துக் கூறமுடியாது உள்ளது. இலங்கைத் தீவில் ஆதியில் இயக்கர், நாகர் என்ற இரண்டு சாதியினர் வாழ்ந்தார்களென்று வரலாறு கூறுகின்றது. இயக்கர் பைசாசு வழிபாட்டினையும் நாகர் சர்ப்ப வழிபாட்டினையும் உடையவர்களாக இருந்துள்ளனர் என அறியக்கிடக்கின்றது.
ஆதியிலே இக் கிராமம் நாகரின் சிற்றூராக இருந்ததாகவும் நாகர் இனத்தவர் நாகவழிபாடு உடையவர்களென்றும் இவர்கள் தங்கள் தலைவனை தம்பிரான் என்று அழைக்கும் வழக்கம் உடையவர்களென்றும் ஆன்றோர் கூறுவர்.
இவர்கள் தமது தலைவனது பெயரினையும் தங்கள் இனத்தின் பெயரினையும் இணைத்து தாம் வழிபடும் தெய்வத்திற்கு நாகதம்பிரான் என்னும் பெயரினைச்சூட்டி நாக வழிபாட்டினை மேற்கொண்டிருந்தனர் என்று நம்மவர் கூறுவர்.
இப்பூர்வீக நாகதம்பிரான் ஆலயம் அமைந்துள்ள இடம் ஆதியில் அத்தி, ஆல். சந்தனம், சம்பு, கொக்கட்டி,நாவல், நல்வேம்பு, மருது முதலிய பெருநிழல்தரு விருட்சங்களும், தண்டாமரை வாவிகளும், நீராடு கேணிகளும் நிறைந்து விளங்கியதென்பதை இங்கு காணப்படும் பழைய நூற்பாக்களால் அறிய முடிகின்றது.
ஏனைய விருட்சங்கள் அருகியபோதிலும் வானளாவிய மருதமரங்கள் இன்றும் மங்காத மகிழ்வூட்டும் சோலையாக விளங்குவதோடு அதுவே இத்தல விருட்சமாகவும் போற்றிப் பேணப்படுகின்றது.
பின்னர் சேர, சோழ, பாண்டிய மண்டலங்களிலிருந்து வந்து குடியேறிய காலத்து நாகர்கோயிலும், அவர்கள் வசமாகியதாம். முன்பு நாகர் வழிபாடு செய்த இடத்தில் திருவருள் விளங்கக்கண்ட இம்மக்கள் தாமும் அம்மரவடியில் மெய்யன்போடு இறைவழிபாட்டினை மேற்கொண்டு வந்துள்ளனர்.
இம் மக்களின் பக்தி விசுவசத்தைக் கண்ட எம்பெருமான் அடியவர்களுக்கு அருள்புரிந்து வந்தார். நாகர்கோயில் என்னும் இப்பழம்பெரும் கிராமத்தில் பல நூற்றாண்டுகளுக்கு முன்னர் மோகாம்புரி என்னும் பெயரையுடைய பொற்கொல்லர் ஒருவர் குடாரப்பு தட்டார் குடியிருப்புப் பகுதியில் வாழ்ந்திருந்தார்.
அவர் ஒரு சிறந்த பக்திமானாவர். அவர் இவ்வாலய வழிபாட்டுக்கு செல்லும் போதெல்லாம் எம்பெருமான் உன்னை யாரென்றறியவும் காணவும் அடியேன் விரும்புகிறேன் என்று வணங்கிச் செல்வாராம்.
ஒருநாள் அந்நாட்டு மன்னன் அப்பொற் கொல்லனை அழைத்து தமது மக்கள் வழிபடும் அம் மூர்த்திக்கு ஒரு திருவுரு அமைத்துத்தருமாறு வேண்டி பொன் பொருள் முதலியவற்றை கொடுத்தானாம்.
மன்னன் கட்டளையை மறுக்க முடியாத மோகாம்புரி என்னும் பொற்கொல்லர் இம் மரவடித் தெய்வம் எத்தெய்வமோ நானறியேன். எப்படி நான் உன் திருவுருவை அமைப்பேன் நீதான் எனக்கு அருள்புரிய புரிய வேண்டும் என்று வேண்டி நிற்பானாம்.
நம்பினார் கைவிடப்படுவதில்லை. நம்பினார்க்கு அருள்புரியும் எம்பெருமான் அவனது கனவிலே தோன்றி அன்பனே நீ கவலைப்படதே ஆதிநாதனின் திருவுருவை நீ வழிபடும் இடத்திற்கு அருகாமையில் உள்ள “அத்தி” மரத்தில் காண்பாய் அதன்படி அரசன் பணியை நிறைவேற்றுவாய் என்று கூறி மறைந்தருளினார்.
மறுநாள் அதிகாலை வைகறைப் பொழுதில் எழுந்தவுடன் தான் வழிபடும் இடத்திற்கு அருகாமையில் உள்ள “அத்தி” மரத்தடிக்கு சென்று பார்த்தபோது விழுதே விடாத அத்தி மரத்தில் விழுது ஒன்று ஐந்து தலை நாகரூபமாக ஆடக்கண்டு மெய்சிலிர்த்து பக்திப்பரவசமாகி வீடு சென்று தனது கைப்பட தாமிரத்தாலான ஒரு நாகபடத்தை வடித்து அரசன் பணியை நிறைவேற்றி எம்பெருமான் ஆசியையும் அரசனின் மதிப்பையும் பெற்றான் என்பது எம்முன்னோர் கூற்று.
அன்று முதல் அத்திரு நாகபடமே இவ்லாலயத்தின் மூலமூர்த்தியாக விளங்கி அடியார்களுக்கு அருள்புரிந்து வருகிறார். குறித்த பதிவை முகநூலில் Babugi Muthulingam என்ற நபர் பதிவிட்டுள்ளார்.